Сюжет романа вращается вокруг легенды об Атлантиде, упоминаемой как древний город или континент, который затонул в море по воле божественного вмешательства.
Профессор Маракот готовится к глубоководному погружению у берегов Африки. Он утверждает, что обнаружил самую глубокую в Атлантическом океане впадину, и готовится ее исследовать, погрузившись в водные глубины на батисфере вместе с Хедли и Скэнлан.