Jagged Alliance: Flashback - это игра с классическим тактическим пошаговым режимом боя с переходом в режим реального времени по его окончании. Действие игры происходит на группе островов Сан-Кристобаль, что в Карибском море. По сюжету, вследствие государственного переворота на острове был основан социалистический режим – изменение, ставящее на нет американское присутствие в этой местности. Игроку предстоит собрать команду наёмников, восстановить демократическое правительство в Сан-Кристобаль и избавиться от присутствия СССР на островах. Любыми способами.