Действие игры происходит за год до событий, описанных в "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". За год до самого удачного похода Стрелка и его товарищей к центру Зоны – третьего по счету. Мы узнаем о нем и его группе с новой стороны – взглянув на него глазами вольного наёмника Шрама, буквально погибающего после каждого выброса. Что разгадает Шрам? С кем сведет его нестабильная "Зона"? Все это вы узнаете пройдя Old Story mod.

S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky-HWM - Основная сюжетная линия повествует о наиболее закрытой группировке Зоны - "Наёмники". Какие цели преследовали Наёмники и к чему привели их действия - ГГ узнаёт по мере приближения к ЧАЭС. Вам предстоит побывать на базе Наёмников, пообщаться с лидером группировки, узнать как Шрам стал наёмником и чем он занимался, но для этого нужно будет пройти весьма долгий путь. Стилистика в жанре детектив-расследование.

Мод Reborn ("Возрождённый") задуман Автором в 2-х частях - "Артефакты смерти" и "Двойники". Данная сборка - это существенно доработанный мод v.2.50 "Артефакты смерти". Хронологически, действие в Реборне происходит сразу после событий Clear Sky. Игра открывает совершенно новую ветку развития сюжета S.T.A.L.K.E.R'a!